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bsp; 如果是培养皿培育出的菌株，检测或者对比的难度往往都不高。
但对象若是自然界富集的样本，操作起来就比较麻烦了。
徐云所说的16s相似度检测，指的是核糖体小亚基的rna组分检测。
也就是16srrna。
这部分长度大约1500nt，不同物种略有差异，算是目前主流的九大新物检测步骤之一。
五分钟后。
裘生抬起头，对徐云道：
“老徐，准备好了，引物你觉得用啥？”
徐云想了想，很快道：
“1492r吧。”
“好嘞！”
半个小时后。
裘生抬起头，打了个响指：
“搞定，扩出来了，blast的密匙你有吧？”
徐云朝他竖起一根大拇指示意干得漂亮，随后走到操作台边，噼里啪啦的输了一大串密匙。
做过新种检测的同学应该都知道。
16s相似度检测的界限其实有些模糊，因为不同分类群的检测相似度阈值是不一样的。
比如有的是97%，有的是99%。
只是在通常情况下。
相似度超过97%的，就可以认为是一个物种。
相似度低于97%的，就可以认为是不同物种，进行下一阶段检测。
不过就是这样一种不太精细的检测手段，却依旧是很多新物检测迈不过去的一道坎：
大部分样本在经过检测之后，都会发现相似度在99.99%以上，与其他某某微生物是同一物种。
总而言之。
这项技术在定属方面还是靠谱的。
又过了一会儿。
裘生一脸惊喜的抬起头，声音骤然拔高了几分：
“老徐，相似度46.9%，46.9%！！”
“毫无疑问，这是一类新物！”
徐云认真的看了他一眼，确认道：
“只有一种新物吗？”
“没错，只有一种！”
徐云若有所思的点点头，又道：
“那就继续上磷脂脂肪酸和呼吸醌鉴定吧。”
众所周知。
新物鉴定一般都有九个流程：
1、16s相似度。
2、形态学观察。
比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等，还包括最适生长条件的确定。
3、磷脂脂肪酸鉴定，这个具有属特异性。
4、呼吸醌，也就是看一下占优势的呼吸醌是哪种，这个有种特异性。
5、分子杂交，也就是测定基因组序列，草图就行，然后跟近源物种去比较。
相似度超过70%是一个种，低于70%是不同物种。
6、碳源利用情况，看一下能利用哪些碳源，一共有95种碳源的测试。
7、api试剂盒鉴定，生理生化鉴定的一方面。
8、gc含量。
9、革兰氏染色。
大概经过这些方面的检查，就可以确定是不是新种了。（注：不知道这样写的比较详细大家愿不愿意看？这种详细流程应该没有其他书写过，找人问其实很麻烦的，要是还被嫌水下次我就不写了）
其中第五个流程，也就是分子杂交这次可以直接忽略——毕竟第一部测出来的46.9%实在是差距太明显了。
考虑到时间问题，徐云将几个步骤逐一分工，由几位工具人...咳咳，课题组成员同步进行。
五个小时后。
一道最终报告出炉了。
“节丛孢属的一类全新微生物，1000倍油镜下可观察到形态，体外具备大量假丝。”
“这种假丝可以分离，与目标结合完成某种化合反应，这是...秃头攻击？”
“一片青苔中可以高密度富集8000单位的极少量新物，特性上与嗜酸乳杆菌有一定类似...嗯？”
随后看着其中的一栏报告，徐云有些疑惑的抬起头，对裘生问道：
“老裘，新物对食物残渣的净化效果最为明显？”
裘生点了点头，指着不远处的一个培养皿道：
“经过我们的初步检测，这种新型微生物可以有效遏制残渣中氨气、有机酸和硫化物的生成。”
“并且对奈瑟氏菌和厌氧链球菌之类的细菌，有着极强的杀伤力。”
徐云微微一愣：
“奈瑟氏菌和厌氧链球菌？”
不过很快，他便反应了过来：
这两种西军，都是人体唾液和牙龈的标准分泌物之一：
每一毫升的普通唾液里可以寻找出奈瑟氏菌8000万个，在每一克牙龈分泌物中更是可以寻找出10亿个厌氧链球菌。
在食堂里吐出骨头啦、吐出西红柿皮啦、吐出半截蛆虫时沾染上这些细菌，最后流入下水管道是很正常的事情。
接着徐云指着报告，对裘生说道：
“老裘，新种只对食物残渣和唾液细菌有效吗？”
裘生沉吟片刻，答道：
“准确的说，新种对于其他一些臭味源也有一定的扼制作用，但效果都远不如食物残渣和唾液细菌。”
徐云疑惑的看了他一眼，问道：
“其他臭味源，都有哪些？”
裘生立时掰持起了手指：
“厕所里的小八小汉堡，还有小李找他室友要来的一小片两个礼拜没洗的手袜子，还有.......”
“停停停，打住打住！”
徐云额头顿时冒出了一股黑线，连忙止住了裘生的描述。
随后他强迫自己平复了一番心情，继续道：
“得，你干脆直接报数据吧。”
裘生很是恶趣味的一笑，又从桌上拿起了另一份报告：
“比起其他臭味源，新种对于食物残渣和唾液细菌的效果简直可以用逆天来形容。”
“比如我们富集到的一个新种植株，生物效能才8000单位，小的可怜。”
“可它将一块0.3立方厘米大小的食物残渣彻底净化干净的时间，前后也不过二十分钟罢了。”
说着说着，裘生不由在徐云面前比划了个8的手势：
“这才8000单位啊，你看现在青霉素的单位，哪个不是百万级起步？”
“老徐，你知道这意味着什么吗？”
徐云沉默片刻，随后眉头一掀：
“代表着......你的口臭有救了？”
........
bsp; 如果是培养皿培育出的菌株，检测或者对比的难度往往都不高。
但对象若是自然界富集的样本，操作起来就比较麻烦了。
徐云所说的16s相似度检测，指的是核糖体小亚基的rna组分检测。
也就是16srrna。
这部分长度大约1500nt，不同物种略有差异，算是目前主流的九大新物检测步骤之一。
五分钟后。
裘生抬起头，对徐云道：
“老徐，准备好了，引物你觉得用啥？”
徐云想了想，很快道：
“1492r吧。”
“好嘞！”
半个小时后。
裘生抬起头，打了个响指：
“搞定，扩出来了，blast的密匙你有吧？”
徐云朝他竖起一根大拇指示意干得漂亮，随后走到操作台边，噼里啪啦的输了一大串密匙。
做过新种检测的同学应该都知道。
16s相似度检测的界限其实有些模糊，因为不同分类群的检测相似度阈值是不一样的。
比如有的是97%，有的是99%。
只是在通常情况下。
相似度超过97%的，就可以认为是一个物种。
相似度低于97%的，就可以认为是不同物种，进行下一阶段检测。
不过就是这样一种不太精细的检测手段，却依旧是很多新物检测迈不过去的一道坎：
大部分样本在经过检测之后，都会发现相似度在99.99%以上，与其他某某微生物是同一物种。
总而言之。
这项技术在定属方面还是靠谱的。
又过了一会儿。
裘生一脸惊喜的抬起头，声音骤然拔高了几分：
“老徐，相似度46.9%，46.9%！！”
“毫无疑问，这是一类新物！”
徐云认真的看了他一眼，确认道：
“只有一种新物吗？”
“没错，只有一种！”
徐云若有所思的点点头，又道：
“那就继续上磷脂脂肪酸和呼吸醌鉴定吧。”
众所周知。
新物鉴定一般都有九个流程：
1、16s相似度。
2、形态学观察。
比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等，还包括最适生长条件的确定。
3、磷脂脂肪酸鉴定，这个具有属特异性。
4、呼吸醌，也就是看一下占优势的呼吸醌是哪种，这个有种特异性。
5、分子杂交，也就是测定基因组序列，草图就行，然后跟近源物种去比较。
相似度超过70%是一个种，低于70%是不同物种。
6、碳源利用情况，看一下能利用哪些碳源，一共有95种碳源的测试。
7、api试剂盒鉴定，生理生化鉴定的一方面。
8、gc含量。
9、革兰氏染色。
大概经过这些方面的检查，就可以确定是不是新种了。（注：不知道这样写的比较详细大家愿不愿意看？这种详细流程应该没有其他书写过，找人问其实很麻烦的，要是还被嫌水下次我就不写了）
其中第五个流程，也就是分子杂交这次可以直接忽略——毕竟第一部测出来的46.9%实在是差距太明显了。
考虑到时间问题，徐云将几个步骤逐一分工，由几位工具人...咳咳，课题组成员同步进行。
五个小时后。
一道最终报告出炉了。
“节丛孢属的一类全新微生物，1000倍油镜下可观察到形态，体外具备大量假丝。”
“这种假丝可以分离，与目标结合完成某种化合反应，这是...秃头攻击？”
“一片青苔中可以高密度富集8000单位的极少量新物，特性上与嗜酸乳杆菌有一定类似...嗯？”
随后看着其中的一栏报告，徐云有些疑惑的抬起头，对裘生问道：
“老裘，新物对食物残渣的净化效果最为明显？”
裘生点了点头，指着不远处的一个培养皿道：
“经过我们的初步检测，这种新型微生物可以有效遏制残渣中氨气、有机酸和硫化物的生成。”
“并且对奈瑟氏菌和厌氧链球菌之类的细菌，有着极强的杀伤力。”
徐云微微一愣：
“奈瑟氏菌和厌氧链球菌？”
不过很快，他便反应了过来：
这两种西军，都是人体唾液和牙龈的标准分泌物之一：
每一毫升的普通唾液里可以寻找出奈瑟氏菌8000万个，在每一克牙龈分泌物中更是可以寻找出10亿个厌氧链球菌。
在食堂里吐出骨头啦、吐出西红柿皮啦、吐出半截蛆虫时沾染上这些细菌，最后流入下水管道是很正常的事情。
接着徐云指着报告，对裘生说道：
“老裘，新种只对食物残渣和唾液细菌有效吗？”
裘生沉吟片刻，答道：
“准确的说，新种对于其他一些臭味源也有一定的扼制作用，但效果都远不如食物残渣和唾液细菌。”
徐云疑惑的看了他一眼，问道：
“其他臭味源，都有哪些？”
裘生立时掰持起了手指：
“厕所里的小八小汉堡，还有小李找他室友要来的一小片两个礼拜没洗的手袜子，还有.......”
“停停停，打住打住！”
徐云额头顿时冒出了一股黑线，连忙止住了裘生的描述。
随后他强迫自己平复了一番心情，继续道：
“得，你干脆直接报数据吧。”
裘生很是恶趣味的一笑，又从桌上拿起了另一份报告：
“比起其他臭味源，新种对于食物残渣和唾液细菌的效果简直可以用逆天来形容。”
“比如我们富集到的一个新种植株，生物效能才8000单位，小的可怜。”
“可它将一块0.3立方厘米大小的食物残渣彻底净化干净的时间，前后也不过二十分钟罢了。”
说着说着，裘生不由在徐云面前比划了个8的手势：
“这才8000单位啊，你看现在青霉素的单位，哪个不是百万级起步？”
“老徐，你知道这意味着什么吗？”
徐云沉默片刻，随后眉头一掀：
“代表着......你的口臭有救了？”
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